乳腺囊肿可以进行抗增生治疗，孤立性的大于两公分的囊肿，可以手术治疗。积乳的原因，可以穿刺抽吸治疗。
王亚丽：乳腺多发小囊肿，如果在彩超底下，考虑与乳腺增生有关系的话，可以给予抗增生治疗，如果孤立性的囊肿，大于两公分的情况下，可以给予手术治疗，对于年轻哺乳期的患者，考虑囊肿是积乳的原因引起的话，可以给予穿刺抽吸治疗，乳腺多发性小囊肿是与增生有关系的，随着月经周期的变化，有的时候不需要处理，也有可能消失，但是孤立的、大的囊肿。
随着逐渐长大的情况下，有一定的恶病风险，曾经在临床上遇到过一例，是在血液系统肿瘤之后使用激素，长期使用激素的时候，发现了囊肿恶病，合并了囊内乳头状瘤，究竟是合并还是激素诱发，这个原因不够很明确，囊肿总之有恶变的风险，但是风险比例相当的低。