灰指甲治疗分为外用药治疗、口服药治疗和手术治疗。口服药常用伊曲康唑和特比萘芬，采用冲击疗法使药物充分吸收。外用药常用阿莫罗芬和环丙酮。手术采用溶甲、拔甲的方法治疗。不同治疗方法需要医生根据患者情况来选择。
王毓新：口服药治疗目前市面上常用的是两种药。一个叫伊曲康唑一个叫特比萘芬。它们吃的时间都是一样的，都是三个月到四个月的时间。伊曲康唑它是一个光谱的抗真菌药，现在常用的办法叫冲击疗法。就是每个月吃一周的药，每天吃两次，每次吃两粒，在吃饭的当中或者是饭后马上服，这样可以最大的减少对胃的刺激，另外使药物的吸收达到最好的程度。外用上市面上常用的是两个指甲油类的涂剂。一个叫阿莫罗芬，一个叫环丙酮。这两个药目前还没有国内生产的，都是国外进口的药。它涂上去以后，就像指甲油一样，它就停留在甲板上，慢慢的深入到指甲里面去。每周抹一次就可以了，但是需要坚持一定的时间，也不是短期就可以好的。除了口服和外用以外，过去的老办法还有一些溶甲、拔甲的治疗，常用的就是这几种治疗方法。所以病人要根据自己的情况，由医生来选择，最好不要自己乱用。