引起双肾结石的原因有很多，首先可能与饮用的水质不佳有关，饮用水中含有晶体和高物质比较多，人体喝下去之后，会使人体内的尿钙增加，不能及时的排出体外，就引起结石的形成。
引起双肾结石有很大一部分的原因就是不良的饮食造成，日常的饮水量太少，导致尿液浓缩，形成结石。吃了很多的蛋白质食物，使肾脏和尿中的钙、草酸、尿酸的成分普遍增高，从而引起肾结石的产生。
食用过多的草酸食物，比如菠菜、土豆、茶叶、西红柿、竹笋、大豆、可可等食物，也会引起肾结石的产生，还有一些嘌呤高的食物，比如动物的内脏、海产品、花生、豆角等食物，也会产生尿酸，沉淀而形成尿结石。
使用过多的脂肪、糖分，也会为结石创造条件，因此生活中应该注意饮食的合理，养成良好的饮食习惯，不能挑食，食物要吃的精细，不能经常性的是一种食物，食物要多样化。
一些不良的生活习惯也会引起肾结石的产生，比如运动量太少，经常的熬夜，生活作息不规律等。一些气候，比如炎热的时候，会导致出汗的增多，尿液也会浓缩，从而引起结石的产生。
还有一些疾病，比如甲状旁腺功能亢进、瘫痪、溶血性骨肿瘤、痛风、骨折等疾病，也会引起肾结石的发生，因为这些疾病能够使体内尿钙的增高，从而形成肾结石。